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反对种植转基因作物的人们，并非都是由于科学上的疑虑（且不说其理由是否站得住脚），有的是出于其信仰，认为人类不应该种植“不自然”的作物。但是人类今天种植的作物，没有一种是“自然”的，全都是人工改造过的。这个改造过程发生于大约1万年前的新石器时代，人类开始尝试种植粮食的时候。在种植过程中，发现有的植株有人们想要的性状（比如产量比较高、味道比较好），于是其种子被保留下来，继续种下去。在下一代中，又选择“品质”最好的往下种，这样一代代地选择下去，就能得到“优良”品种。达尔文后来把这个过程称为“人工选择”。
这个过程非常缓慢。在新石器时代，“驯化”一种野生植物要花上千年的时间。1719年，英国植物学家费尔柴尔德发明了一种创造作物新品种的方法——杂交育种，把作物的不同品种进行杂交，在其后代中选育具有优良品性的品种。到了20世纪初，遗传学的创立为作物育种提供了理论依据，植物学家用杂交育种方法创造出了许多在农业生产上有巨大实用价值的新品种。这些新品种都是自然界原先没有的。
但是不同物种之间的杂交很难成功。在1930年代，植物学家发现使用秋水仙碱能够有效地克服远缘杂种不育的难题。之后又发明了细胞质融合技术，把来自两个物种的细胞融合在一起，从中培育出杂交后代。有了这些技术，杂交打破了物种障碍，杂交育种不再限于物种内部。两个不同的物种之间，甚至不同的属之间的杂交成为了可能。比如，通过把属于不同属的小麦和黑麦杂交，创造出既有小麦的高产又有黑麦的抗锈病能力的新物种小黑麦。
在第二次世界大战之后，一种新的育种技术——诱变育种获得了广泛应用。它通过使用化学诱变剂或辐射来诱发种子产生基因突变，从中筛选出具有优良性状的新品种。比起杂交育种，诱变育种更加“不自然”，因为它直接改变生物体的遗传物质，创造出了新的基因。 (全文…)